本發明公開了一種可配置混合信號控制系統及方法.該系統包括:配置管理模塊,用于根據系統配置信息控制可配置互連線路在至少一個可配置模擬模塊,至少一個可配置數字模塊以及可配置輸入/輸出模塊之間的連接,并對可配置模擬模塊和可配置數字模塊的功能進行配置;可配置輸入/輸出模塊,用于將外部輸入的模擬信號和數字信號分別發送給連接的可配置模擬模塊和可配置數字模塊,輸出執行結果至外部;可配置模擬模塊和可配置數字模塊,分別接收模擬信號和數字信號,執行所配置的功能,根據所配置的功能的要求,輸出執行結果.本發明能夠在滿足速度要求的情況下提供輸入/輸出可擴展性.