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其特點是利用待測微生物的特殊生理功能的選擇性來擺脫其他微生物類群的干擾，并通過該生理功能的表現來判斷該類群微生物的存在和豐度。本法特別適合于測定土壤微生物中的特定生理群（如氨化、硝化、纖維素分解、固氮、硫化和反硫化細菌等。）的數量和檢測污水、牛奶及其他食品中特殊微生物類群（如大腸菌群）的數量，缺點是只適于進行特殊生理類群的測定，結果也較粗放，只有在因某種原因不能使用平板計數時才采用。